Создана в марте 2004 года на основе Федеральной комиссии по рынку ценных бумаг, позже получила часть функций Минфина, Минтруда, Министерства по антимонопольной политике и Федеральной службы страхового надзора. Является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по принятию нормативных правовых актов, контролю и надзору в сфере финансовых рынков за исключением банковской и аудиторской деятельности. В 2011 году к обязанностям ФСФР добавилось регулирование сфер страховой и микрофинансовой деятельности, кредитной кооперации. Находится в прямом подчинении правительства. Структура ведомства включает в себя 13 управлений и 3 отдела. ФСФР имеет 13 территориальных органов и 29 территориальных отделов. В центральном аппарате службы работают 486 человек, в территориальных органах — 1118 человек. Бюджетные расходы ФСФР в 2010 году составили 916,3 млн руб., в первой половине 2011 года — 326,4 млн руб.