Начиная с 1995 года ПАСЕ приняла несколько резолюций, которые осуждали действия России в Чечне. Самой скандальной стала резолюция N1456 "Конфликт в Чеченской республике" от 6 апреля 2000 года. Тогда парламентарии лишили российскую делегацию права голоса и рекомендовали комитету министров Совета Европы рассмотреть вопрос о приостановке членства РФ. Россияне в знак протеста покинули сессию и не прибыли на следующую. 25 января 2001 года ПАСЕ восстановила делегацию России в правах.
25 января 2006 года ассамблея резко осудила российский закон о некоммерческих организациях. В частности, в поправках к резолюции о правах человека в Чечне содержались обвинения в "преследованиях НКО со стороны административных и правоохранительных органов". Одновременно разгорелся конфликт вокруг резолюции, осуждающей преступления тоталитарных коммунистических режимов. Документ предполагал, в частности, признание нелегитимными решений коммунистического режима в СССР и запрет на использование коммунистических символов. Делегация РФ добилась принятия более мягкого варианта резолюции.
В январе 2008 года часть делегатов ПАСЕ выступили против назначения главой ассамблеи россиянина Михаила Маргелова, который должен был получить эту должность в соответствии с принципом ротации председателей организации. В итоге Россия согласилась на изменение принципа ротации в обмен на отказ от приглашения на сессию ПАСЕ президента Грузии Михаила Саакашвили. 21 января новым председателем ПАСЕ стал испанец Луис Мария де Пуч. Однако господин Саакашвили на сессии ассамблеи выступил.