Единая государственная автоматизированная информационная система (ЕГАИС) была введена новой редакцией закона "О государственном регулировании производства и оборота этилового спирта, алкогольной и спиртосодержащей продукции". Закон вступил в силу 1 января 2006 года. В основу идеи ЕГАИС положена работавшая с 1 января 2004 года Единая система учета движения алкогольной продукции, действовавшая в каждом регионе отдельно. Суть ЕГАИС сводится к учету производства и оборота каждой единицы алкогольной продукции. Проиллюстрировать это можно следующим примером. Например, на спиртзаводе установлен специальный счетчик, который в автоматическом режиме снимает данные об объеме выпуска и концентрации спирта, и передает их на сервер ЕГАИС. Затем спирт поступает со спиртзавода на ликероводочный завод (ЛВЗ), что также отражается в системе. Затем из этого спирта производится водка (с помощью аналогичного счетчика измеряется концентрация спирта и объем произведенной водки). Далее ЛВЗ посылает специальный запрос на сервер Федеральной налоговой службы, которая дает разрешение на нанесение штрихкодов на федеральные акцизные марки. В штрихкод вбивается практически вся информация, содержащаяся на этикетке бутылки.
После нанесения акцизных марок на бутылки завод продает их своему дилеру. Факт отгрузки фиксируется в ЕГАИС путем отправки специальной электронной накладной. Любая дальнейшая перепродажа данного товара от одного оптовика другому также фиксируется в ЕГАИС с помощью электронных накладных.
Ввод системы планировалось осуществить в три этапа. С 1 января 2006 года все производители алкоголя в стране были обязаны установить у себя устройства для нанесения штрихкодов. С 1 июля 2006 года любая поставка алкогольной продукции стала сопровождаться отправкой электронной накладной. С 1 февраля 2007 года должны были заработать в автоматическом режиме счетчики измерения концентрации и объема этилового спирта. Однако уже в январе 2007 срок был перенесен на 1 ноября 2007 года, а месяц назад сроки перенесли еще на год.
Разработчиком программного обеспечения ЕГАИС является ФГУП "НТЦ "Атлас"". Продажу и установку оборудования осуществляли подрядчики НТЦ (например, в Москве это ООО "См Трейд"). Общие затраты отрасли на установку оцениваются в $30 млн. Еще около $3 млн в месяц участники рынка пока отчисляют "Атласу" за обслуживание системы. По экспертным оценкам, суммарные потери участников рынка от простоев, связанных с внедрением ЕГАИС в 2006 году, составляют $0,7-1,2 млрд.