При всех очевидных преимуществах у интернет-банкинга есть столь же очевидный недостаток — хакерские атаки. Для защиты от электронных карманников разработана целая система кодов и шифров. При входе в виртуальный банк пользователь обязательно подтверждает свои полномочия, вводя логин и пароль (они выдаются в специальных конвертах с покрытием из разнокалиберных черно-белых узоров, поэтому должны быть известны только клиенту). В качестве дополнительного средства защиты могут использоваться специальный токен (электронное устройство, создающее по специальному алгоритму числовую последовательность как часть пароля пользователя), электронный криптоключ (устанавливается в USB-порт любого компьютера и подтверждает полномочия владельца постоянной передачей зашифрованных сообщений по открытым каналам связи), а также кодовая таблица паролей (пластиковая карта с шести-восьмизначными комбинациями цифр, являющаяся аналогом одноразовых паролей). Прогрессивным методом защиты считается использование виртуальной клавиатуры, когда пароль набирается не нажатием клавиш на клавиатуре ПК, а кликами курсора мыши по картинкам с буквами и цифрами. В этом случае блокируется возможность перехвата пароля программами-вирусами. Дополнительной мерой безопасности может служить также отправка одноразового пароля SMS-сообщением на мобильный телефон клиента.