В марте 2000 года председатель Госдумы Геннадий Селезнев предложил перенести в Санкт-Петербург обе палаты Федерального собрания. Эту идею поддержал и петербургский губернатор Владимир Яковлев, предлагавший выстроить парламентский центр в излучине Невы — напротив Таврического дворца. Идея не нашла понимания у депутатов и разговоры о переезде вскоре утихли.
14 марта 2002 года глава Совета федерации Сергей Миронов предложил перевезти в Санкт-Петербург Министерство культуры. Министр культуры Михаил Швыдкой назвал идею "политически привлекательной, но экономически не выгодной", поскольку, по его словам, за каждым согласованием пришлось бы ездить в другой город. В итоге решение не было принято.
27 мая 2003 года полпред президента в Северо-Западном федеральном округе Валентина Матвиенко предложила перевезти в Петербург федеральные органы судебной власти России. В октябре 2005 года спикер Совета федерации Сергей Миронов заявил, что Конституционный суд переедет в Петербург уже "в ближайшее время". Идею переезда поддержал президент Владимир Путин. 9 августа 2006 года премьер Михаил Фрадков подписал соответствующее распоряжение. Для суда выделили здание Сената и Синода на Дворцовой площади. Сам переезд назначен на 2008 год. Про перемещение прочих судов федерального уровня (Верховного, Высшего арбитражного) пока речь не идет.
В октябре 2003 года Сергей Миронов предложил перевезти в Санкт-Петербург Центральный банк, аргументировав это увеличением притока в город финансовых средств и сокращением числа чиновников.
В феврале 2006 года депутат от "Единой России" Петр Шелищ предлагал перевезти в Петербург Генпрокуратуру и Счетную палату.