Институт экономики и организации промышленного производства Сибирского отделения РАН в начале 2000-х годов предложил собственную концепцию освоения Сибири и севера Дальнего Востока. Ее важной частью стало строительство так называемой Северо-Российской железнодорожной магистрали. Дорога должна была пройти по районам Крайнего Севера и связать Санкт-Петербург с портом Ванино на Дальнем Востоке и далее с Сахалином и Японией.
Магистраль должна была пройти от Санкт-Петербурга к Архангельску, далее к бухте Индиго на берегу Баренцева моря и станции Полуночная в Свердловской области. С Байкало-Амурской магистралью дорога стыковалась на станции Хребтовая, что севернее Байкала, дойдя с БАМом до порта Ванино. Дальше предполагалось прорубить подводный тоннель до Сахалина и потом соединить остров железной дорогой с Японией.
Протяженность этой "северной Транссибирской магистрали", по предварительным подсчетам разработчиков, должна была составить около 8,7 тыс. км, общий объем инвестиций в ее сооружение — $450 млрд (11,25 трлн руб.).
Возможно, именно из-за колоссального объема требуемых инвестиций проект Северо-Российской железнодорожной магистрали так и не попал в одобренную правительством в сентябре Стратегию развития железных дорог России до 2030 года.