7 июля 2006 года Партия регионов обвинила главу МВД Юрия Луценко в политическом преследовании народного депутата Бориса Колесникова и призвала Виктора Ющенко принять в связи с этим "адекватные меры" в отношении министра.
2 ноября 2006 года была создана временная следственная комиссия Верховной рады для проверки фактов коррупции и злоупотребления служебным положением со стороны отдельных должностных лиц МВД. Комиссия рекомендовала Кабмину отстранить Юрия Луценко от выполнения служебных обязанностей министра внутренних дел на два месяца.
20 ноября 2006 года Печерский райсуд признал в действиях Юрия Луценко наличие коррупционных деяний и обязал министра выплатить штраф в размере 340 грн.
27 ноября 2006 года Генеральная прокуратура возбудила уголовное дело против Юрия Луценко по факту фальсификации расследования дела Бориса Колесникова.
23 февраля 2007 года глава МВД Василий Цушко обвинил Юрия Луценко в нецелевом использовании бюджетных средств в размере 500 млн гривен.
2 марта 2007 года ГПУ возбудила уголовное дело, обвинив его в злоупотреблении служебным положением и незаконной выдаче огнестрельного оружия.
13 марта 2007 года заместитель генпрокурора Ренат Кузьмин заявил, что ГПУ проверяет наличие у Юрия Луценко израильского гражданства.