22 декабря 2003 года управление Минюста по Москве предложило Московской палате адвокатов прекратить полномочия адвоката экс-главы ЮКОСа Михаила Ходорковского Ольги Артюховой. Ведомство уличило ее в попытке вынести 11 ноября из СИЗО записку, якобы написанную Ходорковским и содержавшую "инструкции по противодействию следствию". 23 января 2004 года палата отказала Минюсту. 29 марта это решение обжаловано в суде. 6 октября 2005 года палата лишила госпожу Артюхову статуса по ее собственной просьбе.
10 февраля 2005 года председатель Мосгорсуда Ольга Егорова обратилась в московское управление Минюста с требованием лишить адвокатского статуса защитников экс-сотрудника службы безопасности ЮКОСа Алексея Пичугина Георгия Каганера, Ксению Костромину и Михаила Жидкова за срыв судебных заседаний и "вопиющее неуважение к суду". Минюст направил соответствующее представление в адвокатскую палату Москвы, которая 14 апреля ответила отказом.
23 сентября 2005 года замгенпрокурора Юрий Бирюков направил в Минюст представление о лишении адвокатского статуса защитников Михаила Ходорковского Антона Дреля, Елены Левиной, Дениса Дятлева, Игоря Михеева, Карины Москаленко, Юрия Шмидта, Альберта Мкртычева и Владимира Сергеева. Генпрокуратура обвинила адвокатов во "вступлении в сговор с целью срыва процесса". Это случилось после того, как 13 сентября господин Ходорковский отказался от их услуг и адвокаты не явились 22 сентября в Мосгорсуд на рассмотрение кассации своего подзащитного. 30 сентября в Минюсте заявили, что в действиях господ Михеева, Мкртычева, Сергеева и госпожи Москаленко нарушений нет. 21 октября Московская палата адвокатов отказалась лишить адвокатского статуса господ Дреля, Дятлева и госпожу Левину, 23 декабря — Мкртычева. 10 ноября адвокатская палата Санкт-Петербурга сохранила полномочия господина Шмидта.