Отношения между странами начали портиться вскоре после избрания 4 января 2004 года президентом Грузии Михаила Саакашвили.
31 мая Россия крайне резко отреагировала на размещение грузинского спецназа в Южной Осетии.
12 июня премьер Грузии Зураб Жвания обвинил миротворцев РФ в незаконных поставках оружия Южной Осетии.
13 августа грузинский парламент потребовал приостановить действие мандата российских миротворческих сил в Южной Осетии и заменить их на международный контингент. Поводом стал обстрел кортежа премьера Грузии в Южной Осетии.
13 сентября Россия объявила о блокаде транспортных сообщений с Грузией (мера не была реализована) и восстановила железнодорожное сообщение с Абхазией, прерванное в 1992 году.
15 февраля 2005 года представители МИД Грузии заявили, что готовы "объявить вне закона" военные базы РФ.
5 сентября "Газпром" объявил о повышении цен для Грузии с $62,5 до $110 за 1 тыс. куб. м.
27 сентября парламент Грузии принял постановление о выводе российских миротворцев из Абхазии и Южной Осетии. Президент Саакашвили предложение не поддержал.
19 декабря Роспотребнадзор запретил ввоз в Россию растениеводческой продукции из Грузии.
31 марта 2006 года в Сочи главком сухопутных войск РФ Алексей Маслов и замминистра обороны Грузии Мамука Кудава подписали соглашение о выводе российских военных баз.
11 апреля запрет Роспотребнадзора распространился на грузинскую алкогольную продукцию, а 4 мая — на минеральные воды "Боржоми" и "Набеглави".
15 мая первый эшелон с бронетехникой ликвидируемой 62-й российской военной базы в Ахалкалаки отправился в РФ.
13 июня в Санкт-Петербурге прошла встреча президентов двух стран, решений принято не было.
28 сентября в Тбилиси по подозрению в шпионаже задержаны шестеро российских военных, а также их агенты. Россия отозвала посла, прекратила выдачу виз и начала эвакуацию семей дипломатов.
1 октября президент Владимир Путин назвал действия Грузии "государственным терроризмом с захватом заложников".
2 октября Россия заблокировала транспортное и почтовое сообщение с Грузией, а также объявила о намерении приостановить отправку денежных переводов в эту страну. В тот же день задержанные офицеры были отпущены на свободу.
6 октября в РФ начата проверка ресторанов, казино, частных фирм, принадлежащих грузинам. Началась массовая депортация незаконных мигрантов из Грузии (с октября выслано более 1 тыс. человек). Милиция ежедневно заявляла о поимке грузинских "воров в законе". "Газпром" объявил о повышении цен для Грузии со $110 до $235 за 1 тыс. куб. м газа.
10 ноября уволен министр обороны Грузии Ираклий Окруашвили, считавшийся сторонником конфронтации с Россией.
28 ноября на саммите СНГ в Минске Владимир Путин трижды говорил с Михаилом Саакашвили, но диалог не пошел дальше взаимных упреков.