Лесной кодекс РСФСР был отменен в начале 90-х годов XX века. Следующий Лесной кодекс России подписан президентом Борисом Ельциным 29 января 1997 года, но из-за несовершенства этого документа практически сразу началась разработка нового кодекса. 1 февраля 2005 года правительство внесло в Госдуму проект кодекса, разработанного Минэкономразвития. 22 апреля 2005 года он был принят в первом чтении.
Подготовка ко второму чтению затянулась. Депутаты, лесопромышленники, губернаторы и Министерство природных ресурсов высказали к законопроекту огромное количество замечаний. Чаще всего поступали протесты против 99-летнего срока аренды лесов, проведения аукционов на их использование, заявлялось, что кодекс "не соответствует Конституции". Экологические организации, например "Гринпис", неоднократно обращались к президенту с просьбой вовсе отозвать кодекс из Думы. В общей сложности к законопроекту поступило около 3 тыс. поправок, а второе чтение переносилось пять раз.
6 апреля 2006 года президент Владимир Путин был вынужден призвать правительство "оперативно снять все противоречия и найти приемлемые решения" для принятия кодекса. 1 ноября 2006 года Лесной кодекс был принят во втором чтении и 8 ноября — в третьем чтении. Когда 10 ноября документы поступили в Совет федерации, сенаторы заявили, что заблокируют их. Парламентариев не устроил объем выделяемого регионам финансирования при передаче им полномочий по управлению лесным хозяйством, и 15 ноября верхняя палата не стала рассматривать кодекс. Однако 21 ноября Сергей Миронов побывал у Владимира Путина, и на следующий день Совет федерации принял принципиальное решение одобрить кодекс.