К настоящему времени референдумы по укрупнению прошли в четырех сложносоставных регионах (когда регион является субъектом федерации и одновременно входит в состав другого субъекта). 7 декабря 2003 года на референдуме в Пермской области объединение с Коми-Пермяцким автономным округом поддержали 83,81% избирателей, в самом округе — 89,77%. 17 апреля 2005 года состоялся референдум по объединению Красноярского края, Эвенкийского и Таймырского (Долгано-Ненецкий) АО. "За" высказались 92,43%, 79,87% и 69,95% соответственно. 23 октября 2005 года идею объединения поддержали 84,99% избирателей Камчатской области и 89,04% Корякского АО. 16 апреля 2006 года прошел референдум по слиянию Иркутской области с Усть-Ордынским Бурятским автономным округом ("за" — 89,77% и 97,74% соответственно).
Окончательно процесс объединения пока завершен только в одном регионе — 1 декабря 2005 года появился новый субъект Федерации — Пермский край. Объединенный Красноярский край появится 1 января 2007 года, Камчатский край — 1 июля 2007 года, объединенная Иркутская область — 1 января 2008 года.
Готовятся к слиянию Читинская область и Агинский Бурятский автономный округ. 10 октября 2006 года спикеры региональных парламентов и главы регионов подписали соответствующее обращение к президенту. Референдум планируется провести 11 марта 2007 года.
В состав федерации входят еще два сложносоставных субъекта: Тюменская область включает Ханты-Мансийский и Ямало-Ненецкий АО, Архангельская область — Ненецкий АО.
Кроме того, на момент принятия декларации о независимости РСФСР (12 июня 1991 года) еще ряд регионов не имел полной самостоятельности: Горно-Алтайская республика (нынешняя Республика Алтай) входила в Алтайский край, Хакасская республика — в Красноярский край, Чукотский АО — в Магаданскую область, Еврейская автономная область — в Хабаровский край, Карачаево-Черкесская республика — в Ставропольский край, Адыгейская республика — в Краснодарский край. Нынешние Чечня и Ингушетия входили в состав единой Чечено-Ингушской АССР.