21 февраля 2001 года Анна Политковская была задержана в поселке Хатуни в Чечне и через два дня выслана из республики за нарушение правил аккредитации. По словам журналистки, она нашла в расположении 45-го полка ВДВ фильтрационные лагеря для чеченцев, за что военные угрожали ей расстрелом. Командование Объединенной группировки войск в Чечне назвало это заявление "ложью и провокацией".
10 сентября 2001 года журналистка в статье "Люди исчезающие" обвинила прикомандированных к чеченскому МВД милиционеров в убийствах мирных жителей. Вскоре она стала получать электронные письма от некоего "Кадета" (позывной одного из фигурантов статьи милиционера Сергея Лапина), который "прошел снайперскую подготовку и намерен посетить Москву". В марте 2005 года суд Грозного осудил Сергея Лапина на 11 лет за избиения чеченцев, но его причастность к угрозам журналистке доказана не была.
9 февраля 2002 года во время поездки в Чечню Анна Политковская пропала. Через несколько дней она появилась в Назрани и сообщила, что "скрывалась от ФСБ", которая хотела помешать расследованию убийств мирных жителей. В ФСБ заявили, что скандал затеян "Новой газетой" для разрешения финансовых проблем.
С 2003 года журналистка обвиняла нынешнего премьера Чечни Рамзана Кадырова и его "команду" в похищениях людей, вымогательстве и других преступлениях. Публикации вызывали недовольство в Грозном, господин Кадыров обещал подать в суд "за унижение семьи". По словам редактора "Новой газеты" Дмитрия Муратова, в мае 2006 года секретарь совбеза Чечни предупредил его, что "Политковская ищет приключений". Конкретных фамилий господин Муратов не назвал, но должность секретаря совета безопасности Чечни в тот момент занимал Хайрудин Висенгириев.
2 сентября 2004 года Анна Политковская, отправившаяся освещать захват заложников в Беслане, была госпитализирована в тяжелом состоянии. Она утверждала, что ее "преднамеренно отравили" сотрудники ФСБ и что в России возобновила работу "13-я лаборатория КГБ, занимавшаяся производством ядов".
С сентября 2004 года в "Новой газете" появился ряд критических статей о президенте Ингушетии Мурате Зязикове. Глава Ингушетии ответил, что "домыслы не читает и на них не реагирует", но в местных СМИ появились призывы остановить "щедро оплаченную глупость". Ингушские журналисты даже назвали Анну Политковскую "повивальной бабкой терроризма и войны".