В 1995 году из ТоАЗа было выделено в самостоятельную структуру АО "Трансаммиак". 51% его акций по распоряжению Минимущества передано ТоАЗу в обмен на допэмиссию в размере 6,1% акций комбината. Эти акции получил фонд имущества Самарской области. Осенью 1996 года их купило СП ТАФКО (компания, близкая к гендиректору ТоАЗа Владимиру Махлаю). ТАФКО была обязана провести модернизацию аммиакопровода и построить от него два отвода для подключения к нему других производителей аммиака. Однако компания ограничилась модернизацией аммиакопровода. В 1999 году Российский фонд федерального имущества (РФФИ) провел расследование инвестиционной программы на "Трансаммиаке", после чего юристы фонда пришли к выводу, что продажа акций ТоАЗа ТАФКО является "мнимой сделкой". РФФИ обратился в арбитражный суд Самарской области с рядом исков, в которых требовал вернуть 6,1% акций ТоАЗа в госсобственность. В мае 2006 года самарский арбитраж признал незаконной продажу 6,1% акций ТоАЗа ТАФКО.