19 ноября 2001 года на конференции участников конвенции о запрещении биологического и токсикологического оружия в Женеве Джон Болтон уличил Ирак в ее нарушении: "Ирак воспользовался трехлетним отсутствием инспекций ООН и всесторонне развил свою программу по разработке наступательного биологического оружия". После оккупации Ирака в 2003 году США не обнаружили биологического оружия.
7 мая 2002 года, выступая в Вашингтоне на форуме организации Heritage Foundation, господин Болтон причислил Кубу к "оси зла". "Она обладает по меньшей мере ограниченным потенциалом биологического оружия и передает биотехнологии двойного назначения государствам-изгоям",— заявил он. Через неделю на остров прибыл экс-президент США Джимми Картер, которому предложили посетить предполагаемые объекты по производству биооружия. Господин Картер объекты посещать не стал, но, вернувшись, призвал снять с Кубы эмбарго.
29 августа 2002 года в Сеуле Джон Болтон обвинил "вооруженный до зубов злостный режим" Северной Кореи в продаже оружия массового уничтожения Ирану и Ираку: "Эти режимы поддерживают тесную связь — это действительно ось, по которой перемещаются опасные вооружения и технологии". В декабре 2002 года США и ряд других стран прекратили поставки в КНДР топлива и продовольствия. 30 июля 2003 года, вновь побывав в Сеуле, господин Болтон назвал жизнь в Северной Корее "адским кошмаром", а Ким Чен Ира — "тираническим диктатором". МИД КНДР в ответ назвал его "подонком" и заявил, что больше не желает иметь дел с господином Болтоном.
13 сентября 2002 года в ответ на заявление президента России Владимира Путина о возможном нанесении ударов по базам боевиков в Грузии Джон Болтон заявил, что Вашингтон "выступает против любых односторонних военных действий России" в Грузии. Удары по Грузии Россия так и не нанесла.
16 сентября 2003 года в конгрессе господин Болтон причислил Сирию к "изгоям" и обвинил в пособничестве террористам и разработке ОМУ. В декабре Джордж Буш подписал закон о введении санкций против Сирии.
13 ноября 2003 года Джон Болтон подверг сомнению доклад МАГАТЭ, отрицающий связь между произведенным в Иране небольшим количеством оружейного плутония и военной ядерной программой. "Массированные и скрытые усилия Ирана по приобретению чувствительных технологий имеют смысл, только если являются частью программы создания ядерного оружия",— заявил он. В 2004 году США добились передачи иранского досье в Совет Безопасности ООН. 3 мая 2006 года, представляя в Совбезе ООН проект жесткой резолюции по Ирану, господин Болтон заявил: "Если они (иранцы.—Ъ) откажутся от погони за ядерным вооружением, многое станет возможным. Если они продолжат угрожать, умышленно запутывать и пускать нам пыль в глаза, ситуация будет складываться уже по-другому".