28 марта — 3 апреля 2000 года в Таджикистане и Узбекистане прошли учения "Южный щит Содружества-2000" с участием сил России, Казахстана, Киргизии, Таджикистана и Узбекистана. Боевики, по сценарию проникшие на юг Таджикистана из Афганистана, "уничтожены" в течение полутора часов с использованием авиации и артиллерии.
12-19 апреля 2002 года антитеррористический центр СНГ провел учения "Юг-антитеррор 2002". По легенде, из Афганистана в Киргизию и Таджикистан вторглась бандгруппа численностью до 600 человек, которая за несколько часов уничтожена с применением артиллерии и штурмовой авиации. В учениях участвовали спецподразделения Армении, Казахстана, Киргизии, Молдавии, России и Таджикистана.
6-12 августа 2003 года в Казахстане и Китае проведены маневры "Взаимодействие-2003", в которых приняли участие Россия, КНР, Казахстан, Киргизия и Таджикистан. Согласно вводной, боевики, пересекшие границу Китая и создавшие укрепленную базу, захватили село в Синьцзян-Уйгурском автономном районе. В ходе двухдневной операции село очистили от боевиков, а их базу разгромили.
2-6 августа 2004 года в Киргизии прошли учения "Рубеж-2004", в которых приняли участие силы Казахстана, Киргизии, России и Таджикистана. По легенде, группа боевиков, прошедших подготовку за рубежом, сосредоточилась в Ферганской долине с целью создания "халифата". За несколько часов военные с использованием артиллерии и авиации блокировали долину и "уничтожили" боевиков.
23 сентября 2005 года на узбекском полигоне "Фариш" прошли совместные с Россией учения. В них приняли участие 150 солдат 76-й дивизии ВДВ и 50 спецназовцев ГРУ. Они успешно "уничтожили" передовую группу из 30 боевиков, проникших в Узбекистан с юга и захвативших село, и "разгромили" основные силы террористов численностью до 100 человек.
2-5 марта 2006 года в Узбекистане прошли учения "Восток-антитеррор-2006", в которых приняли участие около 300 бойцов силовых ведомств стран ШОС. Они успешно отразили атаку экстремистов на Институт ядерной физики Академии наук Узбекистана, в котором расположен единственный в Центральной Азии ядерный реактор.