В середине 2000 года Главная военная прокуратура РФ (ГВП) возбудила дела против начальника Главного управления военно-бюджетного финансирования Минобороны РФ генерал-полковника Георгия Олейника и бывших сотрудников Центрального управления материальных ресурсов и внешнеэкономических связей (ЦУМРиВС) Минобороны Александра Изгагина и Бориса Чурилова. Офицеры обвинялись в получении взяток от Юлии Тимошенко, нанесении ущерба своему ведомству и превышении должностных полномочий. В декабре 2000 года Генпрокуратура РФ обратилась к украинским коллегам с просьбой позволить допросить Юлию Тимошенко. 25 января 2001 года она допрошена в Киеве российскими следователями.
30 июля 2001 года ГВП возбудила против госпожи Тимошенко уголовное дело по обвинению в соучастии в даче взятки. Прокуратура утверждала, что госпожа Тимошенко подкупила офицеров, чтобы получить их согласие на покупку Минобороны стройматериалов на Украине по завышенным ценам. В 2003 году суд оправдал господ Изгагина и Чурилова. Генерал Олейник признан виновным, но амнистирован.
В сентябре 2004 года ГВП возбудила еще одно дело о взятках в ЦУМРиВС (их получили так и не названные следствием офицеры). 13 сентября ГВП вынесла постановление о привлечении госпожи Тимошенко в качестве обвиняемой, а 15 сентября заявила о ее вызове на допрос. 23 сентября 2004 года Московский гарнизонный военный суд по ходатайству ГВП выдал санкцию на арест Юлии Тимошенко, она была объявлена в международный розыск.
29 сентября 2004 года документы на международный розыск госпожи Тимошенко поступили в Национальное центральное бюро Интерпола в России. 7 декабря 2004 года данные Юлии Тимошенко были размещены на сайте Интерпола в рубрике "Разыскиваются", однако на следующий день они были удалены. Представители Интерпола объяснили это необходимостью проверить информацию, переданную им российской стороной.
14 апреля 2005 года генпрокурор РФ Владимир Устинов заявил о возможном аресте украинского премьера Юлии Тимошенко в случае ее приезда в Россию, в результате намеченный на следующий день визит госпожи Тимошенко в Москву был отменен "в связи с проведением весенне-полевых работ".
24 сентября 2005 года Юлия Тимошенко все-таки прибыла в Москву и в тот же день явилась в Генпрокуратуру, где был проведен ее допрос. 26 сентября ГВП прекратила международный розыск госпожи Тимошенко и отменила ей меру пресечения, связанную с содержанием под стражей.