4 марта 2004 года в КС обсуждался запрос Госдумы о проверке пункта 7 статьи 2 закона "О соглашениях о разделе продукции", касающегося неизменности трех уже действовавших СРП — "Сахалин-1", "Сахалин-2" и Харьягинского месторождения. Депутаты хотели его отменить, чтобы контролировать расходы операторов проектов — ExxonMobil, Royal Dutch/Shell и Total. Запрос не был принят к рассмотрению, так как под ним стояли подписи 29 действующих депутатов при необходимых 90. Николай Бондарь считал, что запрос следовало принять, так как он отправлялся в суд еще прошлой Думой, и тогда под ним были подписи 103 депутатов.
23 апреля 2004 года суд рассмотрел дело о проверке конституционности отдельных положений законов о бюджетах 2002, 2003 и 2004 годов и приложений к ним. Инициировала дело группа депутатов Госдумы и Совета федерации, посчитавших законы ограничивающими их право на проверку исполнения бюджета, и Александр Жмаковский, уволенный с военной службы и требовавший выделения жилья либо компенсации. КС удовлетворил обе жалобы, а господин Бондарь высказал мнение, что следовало бы проанализировать эти законы на предмет принципиальной возможности их контроля депутатами и Счетной палатой.
29 ноября 2004 года КС рассмотрел дела о соответствии Конституции закона Ленинградской области о выборах на основании жалоб граждан на результаты выборов главы Кингисеппского района. Победителем был назван Александр Невский, набравший 50,8% общего числа голосов, отданных за всех кандидатов. Кандидат Сергей Пашигоров и избиратель Валентин Гнездилов просили признать итоги недействительными, так как они не учитывали голоса, поданные против всех. КС отклонил жалобу, так как правила учета голосов не регулируются Конституцией. Николай Бондарь посчитал, что суд должен был четко указать на невозможность учета голосов против всех.
14 ноября 2005 года КС проверил соответствие основному закону ряда положений законов о выборах в РФ, в частности, о запрете на проведение агитации против всех гражданами за счет собственных средств. Проверка была инициирована на основании жалобы курского врача Вадима Бочкова, в ноябре 2003 года оштрафованного на 1 тыс. руб. за распространение 500 листовок с призывом голосовать против всех. КС подтвердил право на агитацию против всех. Господин Бондарь выступил против этого решения, указав, что агитация против всех и за конкретного кандидата не могут быть равны по юридическим характеристикам.