В марте 2003 года ЮКОС продал венгерской нефтяной компании MOL 50% в предприятии, владеющем лицензией на разработку Западно-Малобалыкского месторождения в Западной Сибири. Сумма сделки — $100 млн.
В мае 2003 года бизнес британской "дочки" ЮКОСа John Brown Hydrocarbons Ltd продан американской инжиниринговой и строительной компании CB&I за $30,6 млн.
В октябре 2003 года ЮКОС продал пакеты акций АКБ "МЕНАТЕП Санкт-Петербург" (22,8%) и ОАО "Инвестиционный банк 'Траст'" (40,5%) МФО МЕНАТЕП за $115 млн. Тогда же компания продала свою долю в ООО "Торговый дом 'Копейка'" финансовой корпорации "НИКойл" (50%) и президенту "Копейки" Александру Самонову (0,5%). Сумма сделки составила $60 млн.
В августе 2004 года ЮКОСом были проданы 56% акций газодобывающей компании "Роспан". Акции купила ТНК-ВР за $357 млн.
В сентябре 2004 года стало известно, что ЮКОС составил список активов на продажу, в который вошли пакеты акций "Белгородэнерго", "Томскэнерго", "Кубаньэнерго", "Тамбовэнерго", "Арктикгаз" и "Уренгойл" и ряд других компаний общей стоимостью в $1,5 млрд. Сделки по продаже не проводились. Тогда же появилась информация о готовности ЮКОСа продать 53,7% литовского нефтяного комплекса Mazeikiu nafta.
В конце 2004 года "Русснефть" купила кипрскую компанию Benodet Investments, владеющую лицензиями на разработку семи месторождений в Томской области. Ранее разработку месторождений Benodet осуществляла "дочка" ЮКОСа "Томскнефть" на основе агентского договора. По заявлению "Русснефти", актив был приобретен у пяти офшоров. Сумма сделки не разглашается.
29 апреля 2005 года венгерская нефтяная компания MOL сообщила, что ЮКОС продал оставшуюся у него 50-процентную долю в СП "Западно-Малобалыкское" четырем офшорам. Сделка оценивалась в $3,5 млн. Позднее стало известно, что пакет акций выкупила НК "Русснефть".
В июне 2005 года стало известно, что ЮКОС продал компании "Русснефть" 34% акций СП "Геойлбент", которым владел вместе с НОВАТЭКом. Стоимость сделки оценивалась в $90 млн. Тогда же "Русснефть" приобрела принадлежащие ЮКОСу 50% акций татарского предприятия "Алнас", единственного в России производителя погружных насосов. Сумма сделки не сообщалась.
В августе 2005 года четыре самарские "дочки" ЮКОСа — "Самаранефтегаз", Новокуйбышевский НПЗ, Сызранский НПЗ и "Самаранефтепродукт" — сообщили о желании продать принадлежащие им 8,55% акций КБ "Солидарность". Пакет оценивается в $3 млн. О завершении сделки не сообщалось.
В октябре 2005 года стало известно, что компания экс-главы Минтопэнерго Юрия Шафраника "Союзнефтегаз" за $30 млн купила у ЮКОСа Сибирскую сервисную компанию.