26 февраля 1993 года на учредительном съезде Аграрной партии России (АПР) Михаил Лапшин избран ее председателем. Одним из его заместителей стал народный депутат от Новосибирской области Николай Харитонов.
На выборах в Госдуму в декабре 1993 года за АПР проголосовали 7,99% избирателей, что позволило ей создать фракцию в составе 55 депутатов (21 списочник и 34 одномандатника). Председателем фракции стал Михаил Лапшин.
В 1994 году спикером Госдумы стал член АПР Иван Рыбкин. В июне 1995 года АПР отвергла его предложение идти на думские выборы в составе единого "левоцентристского блока", а в сентябре спикера вывели из правления партии. На выборах в декабре 1995 года АПР не преодолела пятипроцентный барьер, получив 3,78%. Совместно с КПРФ, делегировавшей своих депутатов, АПР сформировала Аграрную депутатскую группу в составе 37 человек. Ее руководителем стал Николай Харитонов.
На президентских выборах 1996 года АПР поддержала лидера КПРФ Геннадия Зюганова. В августе того же года партия вошла в Народно-патриотический союз России (НПСР), а господин Лапшин стал одним из пяти сопредседателей НПСР.
В мае 1998 года Михаил Лапшин избран в Госдуму на довыборах по округу в Горном Алтае, набрав 42,22% голосов, однако лидером Аграрной группы остался депутат Харитонов.
Осенью 1998 года АПР приняла участие в формировании правительства Евгения Примакова, получив пост вице-премьера, который занял Геннадий Кулик.
В августе 1999 года Михаил Лапшин вошел в координационный совет объединения "Отечество", а в сентябре того же года выведен из состава президиума НПСР. Осенью предвыборный съезд партии принял решение идти в Госдуму в составе блока "Отечество — Вся Россия". Часть несогласных членов партии во главе с господином Харитоновым прошла по списку КПРФ и сформировала Агропромышленную группу.
В январе 2002 года Михаил Лапшин избран главой Республики Алтай.В мае 2003 года пленум АПР принял решение о выводе Николая Харитонова из правления партии "за невыполнение решений руководящих органов АПР и самоустранение от работы в руководящих органах АПР". Также из руководства партии был выведен министр сельского хозяйства Алексей Гордеев.
В 2003 году лидеру АПР удалось найти спонсора в лице агробизнесмена Алексея Чепы и пойти на выборы самостоятельно, но партия не преодолела барьер (3,64%).
28 апреля 2004 года на съезде АПР Михаил Лапшин смещен с поста лидера партии. Его место занял член думской фракции "Единая Россия" Владимир Плотников.