Отражением атаки на Нальчик в основном занимались заместители начальников различных ведомств. Так, на место событий прибыл замгенпрокурора Владимир Колесников, которому поручено организовать расследование.
Выехавшую в КБР спецгруппу МВД возглавил замминистра Андрей Новиков, в июле 2005 года участвовавший в операции по ликвидации дагестанского террориста Расула Макашарипова и членов его банды. Для координации действий внутренних войск в Нальчик прибыл начальник Главного штаба ВВ МВД РФ, замглавкома ВВ генерал-лейтенант Сергей Бунин, ветеран Афганистана, в 1995 году командовавший танковым полком при штурме президентского дворца в Грозном.
Даже к президенту РФ Владимиру Путину с докладом о ситуации прибыл первый замминистра внутренних дел Александр Чекалин, который чуть позже рассказал о ходе спецоперации на специальной пресс-конференции.
По сообщению информагентств, на месте операцию координирует глава созданной в августе 2004 года группы оперативного управления МВД, имя которого не раскрывается.
Частями Минобороны в Нальчике руководит командир 135-го мотострелкового полка. "Говорящей головой" военного ведомства стал первый замминистра обороны, начальник Генштаба Юрий Балуевский, вечером 13 октября давший телеинтервью.
Из первых лиц федерального уровня в Кабардино-Балкарии оказался только полпред президента в ЮФО Дмитрий Козак, который в 11.34 вылетел в Нальчик. По прибытии он провел совещание с представителями силовых структур и руководством КБР, после чего (вместе с президентом КБР Арсеном Каноковым) несколько раз встретился с журналистами.
Сам же президент КБР Арсен Каноков, возглавляющий региональную антитеррористическую комиссию, в 13.10 встретился с журналистами и сообщил о ситуации в Нальчике, а в 14.30 провел совместный брифинг с полпредом Козаком.
Президент России Владимир Путин, по сообщению его пресс-секретаря от 11.23, начал в оперативном режиме получать информацию о ситуации в Нальчике. В 12.50 он провел встречу с экс-канцлером ФРГ Гельмутом Колем. В 14.31 принял доклад первого замглавы МВД Александра Чекалина о ситуации в Нальчике. В 17.57 глава государства встретился с главой Росспорта Вячеславом Фетисовым.
Глава МВД Рашид Нургалиев находился на встрече министров юстиции и внутренних дел России и ЕС в Люксембурге. В 14.14 пресс-центр МВД сообщил, что он прервал визит и возвращается в Москву. Вечером по прибытии министр провел совещание. Министр обороны Сергей Иванов с 10.00 присутствовал на заседании правительства, где докладывал о ситуации на Курильских островах. О местонахождении и действиях генпрокурора Владимира Устинова и директора ФСБ Николая Патрушева не сообщалось.