28 апреля 2000 года контр-адмирал Владимир Морев, начальник радиотехнического управления Тихоокеанского флота, приговорен военным судом флота к восьми годам лишения свободы за похищение радиолокационной станции и продажу служебного бульдозера. Отбывает наказание.
29 апреля 2002 года генерал-полковник Георгий Олейник, начальник Главного управления военного бюджета и финансирования Минобороны, осужден на три года Московским гарнизонным военным судом за незаконное перечисление на Украину $450 млн. 16 августа 2002 года амнистирован. 24 июля 2003 года Московский военный суд приговорил его к пяти годам лишения свободы, признав виновным в превышении полномочий с причинением тяжких последствий при передаче принадлежавших Минобороны облигаций внутреннего валютного займа Военбанку по заниженным ценам. 18 июля 2005 года досрочно освобожден.
23 октября 2002 года генерал-майор Николай Комиссаров, замкомандира объединения СибВО, за избиение подчиненного приговорен Читинским военным судом к трем годам лишения свободы с отсрочкой на год. Отбывает наказание.
11 ноября 2002 года генерал-майор Виктор Гребенников, военный комиссар Калининградской области, военным судом Калининграда признан виновным в злоупотреблении полномочиями и в финансовых махинациях и приговорен к штрафу в 20 тыс. руб.
29 мая 2003 года контр-адмирал Юрий Кличугин, начальник вспомогательного флота ВМФ, осужден Московским гарнизонным военным судом на четыре с половиной года. В 1994 году он без разрешения командования продал судно-док "Анадырь". Адмирал был амнистирован и освобожден в зале суда.
13 августа 2003 года генерал-майор Виктор Михайлов, начальник автослужбы 41-й армии СибВО, судом Новосибирского гарнизона приговорен к трем годам заключения. В 1999-2000 годах им списывалась как непригодная вполне кондиционная техника. Адвокаты добились пересмотра дела, и 19 апреля 2004 года наказание снижено до двух с половиной лет колонии. Виктор Михайлов отбывает наказание.
18 мая 2004 года адмирал Геннадий Сучков, командующий Северным флотом, приговорен судом флота к четырем годам лишения свободы условно с отсрочкой на два года за халатность, повлекшую гибель людей. Причиной послужила гибель списанной АПЛ К-159 30 августа 2003 года. В апреле 2005 года назначен советником министра обороны Сергея Иванова.
20 сентября 2005 года генерал-майор Вячеслав Храмочкин, замначальника тыла ЛенВО, осужден Сертоловским гарнизонным судом к выплате штрафа в 50 тыс. руб. за превышение должностных полномочий. Генерал построил коттедж в поселке Ильичево Ленобласти, используя в качестве строителей солдат-срочников.