В ноябре--декабре 1992 года во время обострения осетино-ингушского конфликта на Северном Кавказе властями обеих республик стали создаваться отряды самообороны. Во Владикавказе и Назрани проводились строевые смотры отрядов, которые после этого направлялись в район столкновений.
В марте 1999 года УВД Ставропольского края в связи с участившимися случаями нападений и похищений людей со стороны чеченских бандгрупп официально стало собирать от граждан заявки на приобретение оружия в целях самообороны. В июне 1999 года Госдума приняла постановление, разрешавшее населению Ставрополья формирование отрядов самообороны. В сентябре гражданам официально была выдана 1 тыс. карабинов. В октябре в райцентре Курская создан казачий вооруженный отряд.
Со 2 августа 1999 года после вторжения отрядов Шамиля Басаева и Хаттаба в Дагестан в республике стихийно стали возникать отряды, охранявшие свои села и аулы. Местные и федеральные власти поддерживали этот процесс и привлекали ополченцев к участию в боевых операциях. 22 августа госсовет Дагестана придал этим формированиям официальный статус, приняв указ о создании отрядов самообороны. К тому времени большая часть боевиков уже была вытеснена из республики.
В 2000-2001 годах в Чечне боевики, организованно переходившие на сторону федеральных властей, первоначально именовались отрядами самообороны. Такие отряды были у всех видных чеченцев, сотрудничавших с федералами (Ахмата Кадырова, братьев Ямадаевых, Бислана Гантамирова). В мае 2000 года федеральными властями было проведено формальное разоружение этих формирований. После назначения в июне 2000 года Ахмата Кадырова главой администрации, а затем избрания его президентом этим отрядам был придан официальный статус, их бойцами укомплектованы служба безопасности президента Чечни, батальон "Восток" и чеченская милиция.