В большинстве случаев виновными в катастрофах под водой признавались члены экипажа (зачастую погибшие). Наказания же высокопоставленных чинов были скорее символическими — из-за невозможности установить степень их ответственности.
Первым должностным лицом, наказанным за ЧП с подводной лодкой, стал командир субмарины "Камбала" Михаил Аквилонов. Его лодка 29 мая 1909 года столкнулась в Черном море с броненосцем и затонула. Из 21 члена экипажа спасся только командир, приговоренный к шести месяцам заключения.
Жестоко были наказаны моряки, признанные виновными в столкновении подлодки Щ-424 с траулером в Баренцевом море 20 октября 1939 года. Командир лодки Константин Шуйский и капитан траулера А. Дружинин приговорены к расстрелу, военком Кондаков получил 10 лет лагерей, лоцман Соколов — 6 лет. По ходатайству сослуживцев капитану Шуйскому расстрел заменили на тюремное заключение. В начале войны его освободили и назначили командиром Щ-403, вместе с которой он погиб у берегов Норвегии в октябре 1943 года.
После исчезновения в Японском море в декабре 1952 года подлодки С-117 с 52 моряками военно-морскому министру Николаю Кузнецову и командующему 7-м Тихоокеанским флотом вице-адмиралу Георгию Холостякову объявили выговор, нескольких офицеров понизили в должностях.
После взрыва торпед на Б-37 в базе Полярный Северного флота 11 января 1962 года командующего СФ Андрея Чабаненко сняли с должности и отправили служить в Генштаб. Командир Б-37 Анатолий Бегеба отстранен от службы на подлодках. Эта катастрофа до сих пор остается крупнейшей в истории подводного флота СССР и России — 122 погибших.
Виновным в катастрофе на К-27 24 мая 1968 года, когда от радиации умерли 5 моряков, признан командир лодки Павел Леонов, не сообщивший экипажу и командованию об аварии реактора. Он получил выговор по партийной линии и был переведен на преподавательскую работу.
Долго длилось разбирательство причин катастрофы ПЛА К-429, которая 24 июня 1983 года затонула недалеко от берегов Камчатки. В итоге проявивший мужество при спасении экипажа командир лодки Николай Суворов получил 10 лет тюрьмы, командир электромеханической боевой части (БЧ-5) Борис Лиховозов — 8 лет. Оба отсидели по 3 года.
3 октября 1986 года при взрыве ракеты на К-219 погибли 4 подводника. Командир лодки Игорь Британов, командир БЧ-5 Игорь Красильников и замполит Юрий Сергеенко уволены по статье "Служебное несоответствие". Уголовное дело против командира прекратили с учетом "полного раскаяния".
Через 1 год и 4 месяца после гибели К-141 "Курск", в декабре 2001 года, отправлены в отставку или понижены в должности 14 адмиралов и офицеров — в том числе командующий СФ Вячеслав Попов и начальник штаба СФ Михаил Моцак.