5 октября 1999 года газета "Версия" написала о существовавшей с 1994 года схеме "сотрудничества" Михаила Касьянова, возглавлявшего департамент иностранных кредитов и внешнего долга Минфина, и предпринимателя Александра Мамута. По данным журналистов, после того, как господин Касьянов объявлял о бесперспективности взыскания долга с той или иной страны, аффилированные с господином Мамутом банки (МДМ-банк, Собинбанк, СКМ-банк) скупали обязательства этих стран за 25-30% стоимости. Затем Михаил Касьянов добивался выплаты 100% долга, но уже новым кредиторам. Авторы также утверждали, что за помощь в реализации коммерческих проектов Михаил Касьянов брал с бизнесменов 2% от суммы контракта, за что получил в бизнес-среде кличку "Миша — два процента".
28 февраля 2000 года "Новая газета" сообщила, что в 1995-1996 годах все финансовые расчеты с компаниями Mabetex, Mercata и другими, "уводившими" бюджетные деньги через управление делами президента, готовились лично Михаилом Касьяновым.
17 июля 2000 года итальянская газета La Repubblica обвинила Михаила Касьянова в том, что кредит в размере $4,782 млрд, предоставленный МВФ России 17 августа 1998 года, по его распоряжению был переведен на счета уполномоченных государством банков "СБС-Агро", Инкомбанк, МЕНАТЕП и Объединенного банка. Вместо рублевой наличности, необходимой для поддержания курса рубля, банки вернули государству обесценившиеся ГКО и ОФЗ.
8 августа 2000 года английская газета The Times обвинила Михаила Касьянова в попытке дачи взятки в размере $500 тыс. зампреду бюджетного комитета Госдумы Виктору Гитину за прекращение расследования обстоятельств августовского кризиса 1998 года. Виктор Гитин якобы от денег отказался и 24 марта 2000 года был арестован в Москве по обвинению в получении взятки от красноярского коммерческого банка "Радуга". В январе 2001 года его дело было прекращено.
3 апреля 2003 года замгенпрокурора Владимир Колесников в программе "Человек и закон" на "Первом канале" заявил, что у прокуратуры есть вопросы к Михаилу Касьянову по его распоряжению от 12 сентября 2002 года "Об увеличении объема общих допустимых уловов крабов и моллюсков трубачей". Данный документ позволил магаданским властям увеличить бесплатные квоты, которые достались компаниям, связанным с советником губернатора Магаданской области Викторией Тихачевой и зампредом Госкомрыболовства Юрием Москальцовым, осужденным позднее по так называемому крабовому делу. Однако следствие установило, что господин Касьянов был "введен в заблуждение".
17 марта 2004 года депутаты Госдумы Виктор Илюхин, Геннадий Гудков, Александр Хинштейн, Евгений Ройзман, Алексей Волков и Владимир Стальмахов обратились в ФСБ, МВД и Генпрокуратуру с просьбой проверить происхождение средств, из которых осуществляется финансирование "продолжения политической карьеры" Михаила Касьянова. По мнению депутатов, фонд пополняется на $10 млн в месяц средствами, выводящимися из системы Госкомрыболовства. Проведенная МВД проверка Госкомрыболовства нарушений не выявила.