9 июня 1998 года налоговая служба Приморского края арестовала все счета и имущество ОАО "Дальэнерго", задолжавшего федеральному бюджету налогов на сумму 8 млн рублей. Арест был снят после уплаты долга. 5 апреля 2000 года судебные приставы вновь начали арест имущества компании по факту налоговой задолженности бюджетам разных уровней в 800 млн рублей. Задолженность также была погашена.
10 октября 1999 года московское управление МНС постановило обратить на имущество РАО "ЕЭС России" взыскание налоговой задолженности на сумму 3,7 млрд рублей. Через 12 дней решение было отменено: глава ведомства Александр Починок и глава РАО ЕЭС Анатолий Чубайс договорились о погашении долгов. Задолженность была уплачена согласно графику.
30 июля 2001 года глава администрации Рязанской области Вячеслав Любимов направил главе МНС Геннадию Букаеву письмо, в котором критически оценил деятельность УМНС по Рязанской области. Он, в частности, заявил, что не взыскана налоговая задолженность Рязанской ГРЭС в размере 228 млн рублей. 25 октября 2001 года правительство России приняло постановление о реструктуризации налоговой задолженности ОАО "Рязанская ГРЭС" и штрафов по ней.
4 декабря 2001 года глава группы информации и общественных связей ГУ ФСНП по СФО Сергей Назаров сообщил, что в результате проверки выявлены нарушения налогового законодательства в деятельности ОАО "Саяно-Шушенская ГЭС" на 130 млн рублей и ОАО "Красноярскэнерго" на 27,4 млн рублей. Были возбуждены уголовные дела. Предприятия погасили недоимки, о расследовании дел не сообщалось.
17 мая 2005 года в отчете РАО ЕЭС за первый квартал 2005 года было обнародовано, что межрегиональная инспекция Федеральной налоговой службы #4 по крупнейшим налогоплательщикам потребовала от компании доплатить 3,7 млрд рублей налогов за 2001 год. 3 июня Федеральный арбитражный суд Московского округа рассмотрел кассацию РАО и признал незаконным решение налоговиков о доначислении налогов.