7 мая 2002 года вертолет Ми-8 Бердского вертолетного полка разбился у алтайского поселка Курай. Трое пилотов и восемь пассажиров погибли. 18 мая Сергей Иванов сообщил, что вертолет "выполнял в тот день коммерческий рейс, что недопустимо", и отстранил от должности командующего авиацией СибВО Анатолия Лукьяненко и командира полка Александра Чибескова. 28 ноября 2003 года суд Новосибирского гарнизона приговорил комполка Чибескова к шести годам лишения свободы за превышение должностных полномочий.
19 августа 2002 года под Ханкалой в результате падения вертолета Ми-26 погибли 127 военнослужащих. 20 августа Сергей Иванов отстранил от должности командующего авиацией сухопутных войск Виталия Павлова, а 7 сентября объявил выговоры главкому сухопутных войск Николаю Кормильцеву и командующему СКВО Геннадию Трошеву. 21 сентября в нарушении правил полетов обвинен командир полка Анатолий Кудяков. 5 ноября 2003 года Ростовский гарнизонный суд приговорил его к трем годам лишения свободы, 22 декабря военный суд СКВО отменил приговор.
5 января 2003 года Сергей Иванов обвинил организации солдатских матерей в том, что они существуют на деньги иностранных спонсоров, которым выгоден развал армии. Его поддержал главный военный прокурор Александр Савенков, пообещавший проверить деятельность Союза комитетов солдатских матерей России (СКСМР). 29 ноября 2004 года Басманная межрайонная прокуратура Москвы по итогам проверки СКСМР сообщила: "Никаких нарушений законодательства не выявлено".
1 августа 2003 года террорист-смертник взорвал госпиталь в Моздоке. Погибли 50 человек. Сергей Иванов возложил ответственность за происшедшее на начальника госпиталя Артура Аракеляна. Его задержали и обвинили в халатности и неисполнении приказа за то, что он не принял на вверенном ему объекте антитеррористических мер. 10 декабря суд Пятигорского гарнизона снял с офицера обвинение в неисполнении приказа и обязал его выплатить штраф в размере 130 МРОТ.
26 августа 2003 года в Черниговке (Приморский край) на учениях "Восток-2003" при выполнении парной посадки разбились два вертолета Ми-24В. Погибли шесть человек. Присутствовавший на учениях Сергей Иванов назвал причиной катастрофы "легкомыслие, браваду и воздушное хулиганство" пилотов. 4 апреля 2005 года Спасский гарнизонный суд приговорил руководителя полетов Геннадия Голобочанского к четырем годам лишения свободы.
18 ноября 2003 года на совещании высшего руководящего состава Минобороны Сергей Иванов в присутствии президента раскритиковал военно-воздушные силы за несоответствие требованиям, предъявляемым к частям постоянной боевой готовности, большое количество авиапроисшествий и низкий уровень подготовки летчиков. 14 января 2004 года главком ВВС Владимир Михайлов на пресс-конференции пообещал навести порядок в организации полетов и закупить новую технику.