Статья 159 часть 3 пункты "а" и "б" ("Мошенничество, совершенное организованной группой в крупном размере") — невыполнение инвестиционных обязательств, данных при покупке 20% акции ОАО "Апатит" и 44% акций ОАО НИУИФ, и незаконный возврат переплаты налогов на сумму около 407 млн руб.
Статья 160 часть 3 пункты "а" и "б" ("Присвоение или растрата, совершенное организованной группой в крупном размере") — перечисление на счета компаний, подконтрольных Владимиру Гусинскому, средств со счетов компаний, подконтрольных ЮКОСу, без согласия акционеров.
Статья 165 часть 3 пункты "а" и "б" ("Причинение имущественного ущерба путем обмана или злоупотребления доверием, совершенные организованной группой, причинившие крупный ущерб") — продажа продукции ОАО "Апатит" по заниженной цене в ущерб другим акционерам компании.
Статья 198 часть 2 ("Уклонение физического лица от уплаты налога или страхового взноса в государственные внебюджетные фонды, совершенное в особо крупном размере") — неуплата налогов и страховых взносов как физического лица в 1998-1999 годах на сумму около 54 млн руб.
Статья 199 часть 2 пункты "а", "в", "г" ("Уклонение от уплаты налогов или страховых взносов в государственные внебюджетные фонды с организации, совершенное группой лиц по предварительному сговору, неоднократно, в особо крупном размере") — уклонение от уплаты налогов компаниями, подконтрольными ЮКОСу, в 1999-2000 годах на 2,845 млрд руб.
Статья 315 ("Неисполнение приговора суда, решения суда или иного судебного акта") — неисполнение решения Арбитражного суда Москвы о возврате государству акций ОАО "Апатит" и ОАО НИУИФ.
Статья 327 часть 2 ("Подделка, изготовление или сбыт поддельных документов, совершенные неоднократно") — использование заведомо ложных сведений на получение патента для перевода компаний на упрощенную систему налогообложения, учета и отчетности, а также подписание договоров с компаниями Hinchley Ltd и Status Services Ltd, в которые были внесены заведомо ложные данные.