1 июня 2004 года Генпрокуратура возбудила уголовное дело по фактам нецелевого использования околобюджетных средств администрацией Ярославской области. 20 августа главе региона Анатолию Лисицыну предъявлено обвинение по ст. 286 УК РФ ("Превышение должностных полномочий"), с него взята подписка о невыезде. По данным следствия, 23 апреля 2001 года губернатор подписал противоречащий федеральному законодательству закон "О стимулировании экономического развития Ярославской области", по которому всем зарегистрированным на территории области предприятиям, превысившим по итогам года запланированные показатели по уплате налога на прибыль, возвращалось 80% суммы превышения в части, зачисляемой в областной бюджет. Кроме того, губернатор использовал бюджетные средства для погашения задолженности обладминистрации перед строительной компанией "Ярхимпромстрой", а также выделял беспроцентные кредиты ряду предприятий и учреждений области. Совокупный ущерб бюджету области был оценен Генпрокуратурой в 1,5 млрд рублей. 12 ноября 2004 года адвокаты господина Лисицына оспорили законность возбуждения дела в Басманном суде Москвы, однако 14 декабря суд отказал в удовлетворении жалобы. 11 января 2005 года Генпрокуратура направила в Ярославский облсуд ходатайство о признании не соответствующим федеральному законодательству и недействительным областного закона "О стимулировании экономического развития Ярославской области", однако 14 января облсуд его не удовлетворил. 1 марта Мосгорсуд отклонил кассацию адвокатов губернатора, пытавшихся опротестовать решение Басманного суда о законности возбуждения дела против их подзащитного.