16 декабря 1999 года судья Мосгорсуда Марина Комарова приговорила сотрудника 1-го департамента стран Азии МИД РФ Валентина Моисеева к 12 годам тюрьмы за сотрудничество с разведкой Южной Кореи. 5 сентября 2000 года Верховный суд направил дело на повторное рассмотрение. 14 августа 2001 года та же судья назначила Валентину Моисееву 4,5 года заключения.
19 апреля 2002 года Марина Комарова вынесла приговор активистам леворадикальной организации "Революционный военный совет". Бывший подполковник ГУБОПа Владимир Белышев получил 11 лет, Сергей Максименко — 8,5 года, Валерий Скляр — 6,5 года, Владимир Радченко — 4,5 года, Юрия Внучкова — 4 года условно. Они обвинялись во взрыве памятника Николаю II в подмосковном селе Тайнинское в ночь на 1 апреля 1997 года и в подготовке взрыва памятника Петру I на Крымской набережной в ночь на 6 июля 1997 года. 26 февраля 2003 года Верхсуд России оставил приговор в силе.
26 июня 2002 года Марина Комарова по обвинению в госизмене и разглашении гостайны заочно приговорила к 15 годам лишения свободы, лишила воинского звания генерал-майора и госнаград СССР бывшего генерала КГБ Олега Калугина, проживающего в США. 17 сентября 2002 года Верхсуд оставил приговор в силе.
5 сентября 2002 года Марина Комарова оправдала следователя Павла Зайцева, обвинявшегося в превышении полномочий при расследовании дела о контрабанде мебели в торговых центрах "Три кита" и "Гранд". 25 февраля 2003 года Верховный суд направил дело на новое рассмотрение в Мосгорсуд. 3 ноября 2003 года судья Ольга Кудешкина приговорила господина Зайцева к 2 годам условно. 10 августа 2004 года Верхсуд РФ оставил приговор в силе.
17 сентября 2002 года судья Комарова приговорила к полутора годам условно предпринимателя Вячеслава Аминова, внештатного помощника главы администрации президента РФ Александра Волошина. Бизнесмен обвинялся в даче взятки в размере $50 тыс. генералу ФСБ, который должен был организовать его встречу с руководителем ведомства Николаем Патрушевым. 5 мая 2003 года Верхсуд смягчил наказание до года заключения, признав, что было покушение на взятку.
14 мая 2003 года Марина Комарова признала активисток организации "Новая революционная альтернатива" виновными в организации взрывов возле здания приемной ФСБ в 1998-м и 1999 годах, а также в подрыве памятника Николаю II в Подольске в ноябре 1998 года. Лариса Романова получила 6,5 года, Ольга Невская — 6 лет, Надежда Ракс — 9 лет тюрьмы, Татьяна Нехорошева-Соколова — 5 лет условно. 4 декабря 2003 года Верховный суд сократил срок Ларисе Романовой на год.
12 января 2004 года Марина Комарова приговорила жителей КЧР Адама Деккушева и Юсуфа Крымшамхалова к пожизненному заключению за взрывы домов в Москве и Волгодонске в сентябре 1999 года. 8 июля 2004 года Верховный суд поддержал приговор.
7 апреля 2004 года судья Комарова приговорила к 15 годам тюрьмы завсектором военно-технической и военно-экономической политики отдела внешнеполитических исследований института США и Канады РАН Игоря Сутягина. Он обвинялся в передаче секретной информации военного характера американским спецслужбам. 17 августа 2004 года Верховный суд оставил приговор в силе.