6 апреля 2000 года на сессии Парламентской ассамблеи Совета Европы парламентарии выразили недовольство политикой РФ на Северном Кавказе и проголосовали за начало процедуры приостановления членства РФ в организации; делегация РФ была лишена права голоса в ПАСЕ до 25 января 2001 года.
21 сентября 2000 года генсек Совета Европы Вальтер Швиммер потребовал от России активнее расследовать дела об исчезновении 18 тыс. человек на территории Чечни. 5 октября 2000 года уполномоченный по правам человека в ЧР Владимир Каламанов сообщил на парламентских слушаниях, что у него имеются только 455 запросов по поводу пропавших в ЧР.
23 апреля 2002 года на заседании ПАСЕ принят меморандум, в котором выражалась обеспокоенность растущим влиянием РПЦ, ущемляющей права других религиозных организаций: "Государство позволило РПЦ играть особую, доминирующую роль в общественной и политической жизни страны".
23 апреля 2002 года Совет Европы заслушал доклад представителей ПАСЕ Дэвида Аткинсона и Рудольфа Биндинга о положении в российских тюрьмах и в армии. В докладе осуждалось бездействие властей РФ в отношении дедовщины и "жестокого и бесчеловечного обращения" с заключенными.
25 сентября 2002 года ПАСЕ приняла резолюцию "Действия властей РФ против Грузии, несовместимые с членством в Совете Европы", в которой отвергла право РФ на проведение превентивной военной операции в Панкисском ущелье в соответствии со ст. 51 устава ООН о праве на самооборону.
28 января 2003 года в докладе, представленном на сессии ПАСЕ комиссией по культуре, науке и образованию, Россия подвергнута критике за ограничение свободы слова.
2 апреля 2003 года депутаты ПАСЕ по предложению представителя ФРГ в ассамблее Рудольфа Биндинга одобрили возможность создания международного трибунала по военным преступлениям и преступлениям против человечности в Чечне.
1 сентября 2003 года комиссия по юридическим вопросам и правами человека ПАСЕ приняла резолюцию в защиту обвиняемого в шпионаже журналиста Григория Пасько. В ней выражались сомнения в объективности расследования дела.
10 декабря 2003 года Вальтер Швиммер заявил, что в ходе парламентских выборов в России "не были обеспечены равные условия для всех участников предвыборной кампании — кандидатам в депутаты и партиям".
В августе 2004 года докладчик Совета Европы по вопросам России Рудольф Биндиг в интервью немецкой газете Deutschlandfunk осудил выборы президента Чечни, заявив, что их "ни в коей мере нельзя считать демократическими".
6 октября 2004 года кандидат на пост комиссара ЕС по внешним связям Бенита Ферреро-Вальднер, комментируя инициативы президента РФ по назначению губернаторов, заявила в Европарламенте: "Совершенно очевидно, что мы являемся свидетелями отступления демократии в РФ".