Начальнику аппарата министра обороны непосредственно подчинены управление информации и общественных связей (на правах центрального управления МО), управление делами Минобороны (на правах центрального управления МО) и приемная министерства (на правах управления МО). В подчинении управления делами находятся экспертно-аналитическая, военно-геральдическая и архивная службы вооруженных сил, а также 12-я центральная типография Минобороны. Управление делами осуществляет также общее руководство юридической и контрольно-ревизионной службами вооруженных сил, службой документационного обеспечения.
На управление информации будет замыкаться вертикаль пресс-служб видов и родов войск, с помощью которой аппарат намерен выполнять предписанные ему положением функции по "проведению государственной информационной политики в области обороны и организации информационного обеспечения вооруженных сил". Руководство управления информации и общественных связей уже сформировано: начальником в ранге замруководителя аппарата назначен 36-летний полковник ФСБ Сергей Рыбаков (до этого он был офицером для особых поручений министра обороны), а его заместителями — 46-летний полковник Вячеслав Седов, выполнявший до сих пор обязанности начальника пресс-службы Минобороны, и 38-летний полковник Леонид Бочаров (до этого назначения — замначальника пресс-службы Минобороны).