В январе 1997 года, по данным СМИ, против Михаила Кислюка возбуждено уголовное дело по факту злоупотребления служебным положением. По данным следствия, губернатор в 1993 году распределил между главами администраций районов области 1 млрд руб., выделенный из бюджета на льготные жилищные кредиты некоторым категориям работников бюджетной сферы. Дело закрыто за отсутствием состава преступления.
В том же январе 1997 года прокуратура Кемеровской области возбудила в отношении Михаила Кислюка дело по факту нанесения телесных повреждений одному из депутатов-коммунистов местного парламента. В апреле 1997 года дело прекращено "за отсутствием состава преступления".В марте 1998 году прокуратура Кемеровской области возбудила против Михаила Кислюка дело о превышении должностных полномочий. Ему инкриминировалось нецелевое использование средств, выделенных на поддержку угледобывающей промышленности области Всемирным банком в 1996 году. Дело прекращено за отсутствием состава преступления.
В январе 2001 года облпрокуратура вновь обвинила Михаила Кислюка в превышении полномочий при расходовании угольного транша Всемирного банка. По версии следствия, весной 1997 года губернатор потратил около 290 млн руб. из выделенных банком 17 млрд руб. на оплату деятельности группы авторов, готовивших для него докторскую диссертацию. Михаил Кислюк в ходе следствия частично признал себя виновным. По данным СМИ, дело прекращено по амнистии.