15 апреля МНС обратилось в арбитражный суд Москвы с исковым заявлением о взыскании с НК ЮКОС долга.
16 апреля суд отказался выслушать мнение ответчика по поводу законности претензий МНС и запретил НК в любой форме отчуждать имущество в обеспечение иска МНС. ЮКОС подал встречный иск к МНС, оспорив законность претензий. Встречный иск основан на базовых положениях Конституции, суд должен был рассмотреть его в приоритетном порядке, а слушание дела по существу отложить до решения, имело ли МНС право на иск. Но судья Сергей Гречишнин назначил рассмотрение встречного иска на 28 мая и продолжил рассмотрение дела по существу.7 мая арбитражный суд назначил предварительное рассмотрение иска МНС на 14 мая.
14 мая суд отклонил ходатайства представителей ЮКОСа о приостановлении рассмотрения претензий МНС до рассмотрения встречного иска. Рассмотрение иска МНС назначено на 21 мая.
19 мая суд приостановил действие требований МНС, послуживших основанием для иска к НК ЮКОС, до рассмотрения встречного иска. МНС оспорило это решение в том же суде.
21 мая суд отклонил повторное ходатайство НК ЮКОС о прекращении производства по иску МНС.
26 мая арбитраж Москвы удовлетворил иск МНС к ЮКОСу.
1 июня арбитражный суд Москвы отклонил ходатайство МНС и оставил в силе решение суда от 19 мая о приостановлении исполнения решения МНС от 14 апреля.
10 июня арбитражный суд Москвы объявил, что МНС подало апелляцию на решение суда от 26 мая по своему же иску, поскольку суд удовлетворил не все его требования, "забыв" изъять у ЮКОСа 400 тыс. руб. налоговых недоимок. Рассмотрение назначено на 18 июня. По мнению юристов, МНС использовало "грязные судебные технологии", чтобы ускорить вступление в силу решения суда от 26 мая: поскольку суд уже определил дату рассмотрения апелляции (18 июня), ЮКОС мог подать свое ходатайство до этой даты, и тогда обе апелляции были бы рассмотрены одновременно. А по сложившейся в РФ судебной практике, сторона, которая первой подала апелляцию, имеет больше возможностей, чтобы определить состав суда.
11 июня ЮКОСа обжаловал решение суда от 26 мая.
18 июня арбитражный суд Москвы приступил к рассмотрению апелляции МНС. Три ходатайства защиты ЮКОСа о переносе заседания и требование сменить состав суда были отклонены.
23 июня суд отменил приостановление от 19 мая взыскания с ЮКОСа долгов, разрешив МНС начать процедуру взыскания.
29 июня апелляционная инстанция арбитража Москвы отклонила жалобу ЮКОСа от 11 мая и обязала компанию выплатить МНС 99,4 млрд руб. недоимок за 2000 год.