11 июля 2000 года ФСНП возбудила уголовное дело по факту неуплаты 760 млн руб. налогов НК ЛУКОЙЛ. Месяцем раньше руководство компании удостоилось специального приза МНС за своевременную выплату налогов. 3 августа 2000 года Московский арбитражный суд отклонил почти все финансовые претензии к ЛУКОЙЛу, спорными были признаны 5 млн руб.
В феврале 2000 года ФСНП возбудила дело о неуплате налогов на сумму 315 млн руб. газодобывающей компанией "Роспан интернэшнл". 30 июня собрание кредиторов "Роспана" приняло решение обанкротить компанию.В феврале 2002 года после плановой проверки работы "Газпрома" в 1999-2001 годах налоговая инспекция #40 (Москва) выставила компании к уплате по акцизам более 32 млрд руб. Претензии инспекторов вызвала методика расчета акцизов с экспорта газа. 12 марта глава управления ФСНП по Москве генерал-лейтенант Виктор Васильев заявил о намерении возбудить против газовиков уголовное дело. Акции газового монополиста упали на 7,6%. "Газпром" оспорил итоги проверки в арбитражном суде. 28 октября арбитражный суд Москвы признал необоснованными претензии на 29,8 млрд руб., поддержав лишь требования на сумму около 3 млн руб.
В ноябре 2002 года управление МНС по Республике Саха на основе материалов проверки работы АЛРОСА в 1999-2001 годах выставило компании претензии на 29 млрд руб. АЛРОСА направила УМНС свои возражения. Размер претензий был снижен до 150 млн руб. Компания продолжает переговоры с МНС о снижении суммы выплаты.
2 марта 2004 года пресс-секретарь ОАО "Сибнефть" Алексей Фирсов сообщил, что компания получила письмо МНС, в котором содержатся претензии по неуплате налогов в бюджет за 2000-2001 годы на $1 млрд. 4 марта МНС также направило в "Сибнефть-Ноябрьскнефтегаз" акт налоговой проверки, в котором предъявлены претензии на сумму около $420 млн. "Сибнефть" все претензии отрицает, итогов расследования этого дела пока нет.