20 февраля задержан первый фигурант по делу — директор Магаданского НИИ рыболовства и океанографии Александр Рогатных, 11 марта задержан второй подозреваемый — общественный советник губернатора Виктория Тихачева. Еще один фигурант, бывший замглавы Госкомрыболовства Юрий Москальцов, с 26 марта находился под подпиской о невыезде. Четвертым подозреваемым стал еще один бывший замглавы Госкомрыболовства — Леонид Холод. Подследственным вменялось в вину получение с помощью губернатора Цветкова завышенных квот на научный вылов дорогостоящих морепродуктов краба и трубача и причинение этим ущерба государству в размере $38,5 млн. Квоты были реализованы компаниями "Магаданрыбфлот" и "Дальрыбфлот", принадлежащими Виктории Тихачевой.
25 июня Александру Рогатных и Виктории Тихачевой предъявлены обвинения по ст. 159 ч. 3 УК РФ (мошенничество в составе организованной группы), Юрию Москальцову также по ст. 285 ч. 3 УК РФ (использование служебного положения в преступных целях). Дело в отношении Леонида Холода закрыто в связи с отсутствием состава преступления.2 июля прокуратура Москвы завершила расследование, 24 декабря материалы дела переданы в суд.
21 января 2004 года в Мосгорсуде прошли предварительные слушания. 16 марта свидетельские показания по делу дал бывший глава Минприроды Виталий Артюхов, а 22 марта — бывший глава Госкомрыболовства Евгений Наздратенко.