29 ноября 1999 года ВС Дагестана вынес приговор бывшему председателю горсобрания Махачкалы Курбану Махмудгаджиеву. 8 августа 1998 года в Махачкале возле магазина "Престиж", который должен был посетить мэр Амиров, Махмудгаджиев с подельником взорвали автомобиль "УАЗ" со 100 кг тротила. Три человека были ранены, мэр не пострадал. Махмудгаджиев приговорен к 15 годам лишения свободы.
10 апреля 2000 года ВС Дагестана вынес приговор организаторам и исполнителям покушения на Амирова 4 сентября 1998 года. Тогда на улице Пархоменко в Махачкале, где проживает Амиров, был совершен мощный взрыв, в результате которого погибли 18 человек, 28 домов были разрушены. По решению суда пожизненное заключение было применено к бывшему начальнику угрозыска Гарабудахпенского РУВД Зубайру Муртузалиеву и сотруднику отделения Пенсионного фонда по Буйнакскому району республики Тимурлану Алиеву, сотрудник тюменского ОМОНа Виктор Мезенцев, изготовивший и установивший взрывное устройство, получил 25 лет, а нажавший на пульт дистанционного управления Исмаил Исмаилов — 22 года. Их соучастники Сергей Голодок и Михаил Севастьянов осуждены на 14 лет и 4 года соответственно.21 февраля 2001 года ВС Дагестана вынес приговор уроженцам Дагестана Арсланбеку Мантагову, Мохматселаху Абдурашидову и жительнице Гудермеса Хеде Абдулмажидовой за соучастие в ряде покушений на главу Махачкалы. Мантагов и Абдурашидов участвовали в обстреле мэрии в июле 1998 года, а также попытались обстрелять кортеж Амирова 1 февраля 1999 года. Кроме того, Мантагов 23 марта 1999 года стрелял по окнам кабинета Амирова из автомата Калашникова. Мантагов осужден на 14 лет, Абдурашидов — на 15, а Абдулмажидова, которая хранила у себя оружие,— на 3,5 года.
5 апреля 2002 года ВС Дагестана осудил пожизненно еще одного организатора теракта 4 сентября 1998 года Магомеда Ханова по кличке Бешеный.