Переданные гены могут кодировать следующие механизмы устойчивости:
Эффлюкс. Это активное выведение активного вещества из клетки посредством белкового насоса, встроенного в мембрану клетки. В разных видах организмов движущая сила у этого процесса разная, но схема одна: как только вредоносная молекула обнаруживается в цитоплазме, она переносится к насосу, и при прохождении через него клетка «закачивает» внутрь иное вещество: ионы натрия, водорода.
Защитный белок. Он нужен для инактивации антибиотика. Например, пенициллины содержат в своем составе бета-лактамное кольцо, а многие бактерии производят фермент бета-лактамазу, который гидролизуют одну из связей в кольце и, как следствие, разрушает молекулу антибиотика. А класс веществ, схожий с пенициллинами строением,— аминогликозиды — подвергается ферментативной модификации, чтобы они не могли связываться с рибосомами и мешать синтезу белка.