28 января 2003 года санкционирован арест председателя правления Русского депозитного банка Дмитрия Леуса. Ему было предъявлено обвинение в соучастии в хищении $20 млн бюджетных средств Туркмении.
25 марта 2003 года арестованы генерал-майор ФСНП Сергей Платонов и подполковник ФСНП Михаил Петровский. Их обвинили одновременно в получении и даче взятки.21 июня 2003 года арестован начальник четвертого отдела службы внутренней и экономической безопасности НК ЮКОС Алексей Пичугин. Его обвинили в организации убийства.
25 июня 2003 года арестованы генерал-лейтенант МЧС РФ Владимир Ганеев и шесть старших офицеров МУРа: заместитель начальника второй оперативно-разыскной части полковник милиции Евгений Тараторин, замначальника отдела по борьбе с незаконным оборотом оружия полковник Юрий Самолкин, старшие оперуполномоченные Игорь Островский и Николай Демин и оперуполномоченные Вадим Владимиров и Александр Брещанов. "Оборотней в погонах" обвинили в фальсификации доказательств, незаконном задержании, вымогательстве, превышении должностных полномочий, незаконном хранении оружия и наркотиков.
27 июня 2003 года арестованы Михаил Коданев, сопредседатель партии "Либеральная Россия" по версии Бориса Березовского, и его помощник Александр Винник. Их обвинили в организации убийства депутата Госдумы Сергея Юшенкова.
3 июля 2003 года арестован совладелец контрольного пакета акций ЮКОСа, председатель совета директоров МФО МЕНАТЕП Платон Лебедев. Бизнесмена обвинили в мошенничестве, неисполнении решения суда и уклонении от уплаты налогов.