4 сентября 1919 года академик Ольденбург был арестован как бывший член ЦК Кадетской партии. Корней Чуковский записал в тот день в дневнике: «Сейчас видел плачущего Горького. "Арестован Сергей Федорович Ольденбург… Я им сделаю скандал, я уйду совсем из коммунистов. Ну их к черту!"».
Три недели Ольденбург провел в Доме предварительного заключения. Библиотекарь Пушкинского дома Евлалия Казанович записала в дневнике, что после освобождения у Ольденбурга «была походка человека, на двадцать лет состарившегося и разбитого».
Этот случай был далеко не единственным. Среди арестованных и допрошенных ЧК в 1918–1919 годах были действительные члены РАН филолог-славист Евфимий Карский, лингвист Алексей Соболевский и астроном Аристарх Белопольский, члены-корреспонденты философ Николай Кареев, историк Сергей Платонов, биолог Иоганн Пальмен, филолог-эллинист Григорий Церетели (дважды), историк Александр Кизеветтер (дважды), геолог Франц Левинсон-Лессинг (дважды).
Почетный член РАН, председатель Русского исторического общества великий князь Николай Михайлович был арестован в Петрограде летом 1918 года. Ходатайство РАН за него был отвергнуто Совнаркомом. Великого князя расстреляли в Петропавловской крепости 29 января 1919 года.
Член-корреспондент РАН историк и филолог Тимофей Флоринский был расстрелян во время красного террора в Киеве 2 мая 1919 года, так как его фамилия присутствовала в списке членов Клуба русских националистов.
По ситуации на 18 ноября 1917 года в РАН состояли 44 ординарных академика (действительных члена Академии наук). К концу 1919 года, всего за два года, число действительных членов Академии наук с добольшевистским стажем на подконтрольной большевикам территории уменьшилось почти вдвое.
В свободный от большевиков Крым переехали геолог Николай Андрусов, ботаник Владимир Палладин, византолог Никодим Кондаков. Узнав о грядущем аресте, бежал в Крым естествоиспытатель Владимир Вернадский. Эмигрировали историк античности Михаил Ростовцев, химик Пауль Вальден, экономист Петр Струве. Медиевист Павел Виноградов (сэр Пол Виноградофф) покинул Россию еще при царе и не стал возвращаться при большевиках.
Умерло 9 человек. Некоторые смерти можно объяснить преклонным возрастом (гидрометеоролог Михаил Рыкачев, востоковед Василий Радлов, ботаник-физиолог Андрей Фаминцын, зоолог Владимир Заленский). После смерти любимой жены от туберкулеза застрелился математик Александр Ляпунов. В голодающем Петрограде упал на улице, повредил ногу и умер в больнице историк Александр Лаппо-Данилевский, а археолог Яков Смирнов и историк права Михаил Дьяконов скончались от истощения.