В 1993 году между РФ и Грузией было подписано соглашение о воздушном сообщении. Оно не прерывалось до «шпионского скандала» осенью 2006 года, вызванного задержанием грузинскими спецслужбами российских военных по подозрению в шпионаже. 3 октября 2006 года Россия заблокировала транспортное и почтовое сообщение с Грузией. Москва объяснила прекращение авиасообщения задолженностью грузинских авиакомпаний за аэронавигационное обслуживание. Страны договорились о возобновлении авиарейсов только в феврале 2008 года после прошедших в Москве переговоров грузинской и российской делегаций. Фактически авиасообщение снова возобновилось 25 марта 2008 года.
9 августа 2008 года Россия прекратила авиасообщение с Грузией из-за начала «пятидневной войны» и ввода грузинских войск в Южную Осетию. Некоторым грузинским авиакомпаниям российские власти в период праздников выдавали разрешение на выполнение рейсов. Добраться по воздуху в Грузию можно было с помощью стыковочных рейсов, которые выполняли авиакомпании других стран.
В августе 2010 года Россия открыла прямое авиасообщение с Грузией, но оно осуществлялось только чартерными рейсами.
В октябре 2014 года были возобновлены прямые регулярные авиарейсы между Москвой и Тбилиси. В апреле 2015 года Россия и Грузия полностью восстановили регулярное авиасообщение. Грузинским авиакомпаниям было разрешено выполнять рейсы в семь российских городов — Москву, Санкт-Петербург, Самару, Екатеринбург, Сочи, Ростов и Минеральные Воды. Авиакомпании РФ получили возможность осуществлять рейсы в Тбилиси, Батуми и Кутаиси.
21 июня 2019 года президент РФ Владимир Путин подписал указ о временном запрете российским авиакомпаниям летать в Грузию с 8 июля на фоне беспорядков в этой стране.