В марте 1998 года группа депутатов Госдумы обратилась в Генпрокуратуру с просьбой расследовать деятельность российско-американской межправительственной комиссии по экономическому и технологическому сотрудничеству Гор--Черномырдин, а также возбудить уголовное дело в отношении Виктора Черномырдина и членов правительства "за секвестр бюджета". Прокуратура оставила требования депутатов без удовлетворения.
В ноябре 1998 года депутаты фракции "Яблоко" направили в адрес главы кабинета министров Евгения Примакова письмо с требованием расследовать факты коррупции в правительстве. 28 ноября 1998 года генпрокурор Юрий Скуратов заявил, что по некоторым фактам, изложенным в депутатском запросе, "уже ведутся дела", а в процесс расследования может быть вовлечен и премьер-министр. 5 декабря 1998 года Евгений Примаков направил "Яблоку" ответное письмо, в котором указал, что коррупции в правительстве нет. О возбуждении уголовных дел на основе сведений депутатов Генпрокуратура впоследствии не сообщала.В январе 1999 года в рамках следствия по делу о хищении $180 млн фирмой Golden ADA Генпрокуратура допросила бывшего премьер-министра Виктора Черномырдина. Дело против руководства фирмы было возбуждено еще в 1996 году. Во время следствия был также допрошен экс-премьер Егор Гайдар. Оба бывших премьер-министра проходили по делу как свидетели.