29 января 1994 года указом президента в связи с «дестабилизацией политической и экономической ситуации в городе», «превышением полномочий» и «утратой доверия населения» был уволен мэр Омска Юрий Шойхет (1991–1994). Ранее мэр выступал против поддерживаемых губернатором области Леонидом Полежаевым дотаций на продукты питания и товары первой необходимости, настаивая на адресной помощи малоимущим. По мнению мэра, политика губернатора привела к потере городом средств на благоустройство и поддержание коммуникаций. Юрий Шойхет также публично критиковал угрозы губернатора об остановке платежей в федеральный бюджет.
30 ноября 2000 года мэр Омска Валерий Рощупкин (1994–2000) был назначен заместителем главы Госстроя. Так завершился многолетний конфликт его с губернатором, в основе которого лежали политическая конкуренция и межбюджетные отношения. Например, с помощью депутатов облдумы губернатор сократил до минимума городской бюджет, а крупнейшие предприятия города были перерегистрированы в области, что привело к недофинансированию городских программ. Областные власти объясняли массовый исход предприятий неразумной налоговой политикой мэра, а Валерий Рощупкин обвинял губернатора и бизнесменов в сговоре против городских властей.
21 декабря 2011 года свой пост досрочно покинул мэр Виктор Шрейдер (2005–2011). Ранее глава региона обвинял городских чиновников в распространении слухов о его смерти, а также требовал исключения мэра из «Единой России» (в июне 2011 года омский мэр был выведен из руководства отделения партии). Виктор Шрейдер, в свою очередь, неоднократно заявлял, что за 20 лет «травля мэров города стала обычным явлением», обвинив губернатора в финансовой, информационной и организационной блокаде города.
В декабре 2010 года правительство области обнародовало результаты экспертизы законодательных актов мэрии, заявив, что в каждом третьем документе мэрии есть «признаки коррупционной составляющей». Предметом спора областных и городских властей становилась также программа приватизации муниципального имущества Омска: губернатор предлагал исключить из программы четыре рынка и передать их в областную собственность. Однако в программе приватизации муниципального имущества на 2011–2013 годы рынки остались.