В апреле 2001 года авиакомпания «Трансаэро» перебазировалась из Шереметьево в аэропорт Домодедово. Такое решение объяснялось экономией средств и лучшими возможностями обслуживания пассажиров. «Трансаэро» возобновила вылеты из Шереметьево в конце октября 2007 года по трем направлениям: Петербург, Екатеринбург и Тель-Авив. В конце апреля 2010 года Шереметьево и «Трансаэро» подписали пятилетний меморандум о стратегическом сотрудничестве. Но с зимнего сезона 2014/2015 годов компания ушла оттуда, сокращая издержки. 26 октября 2015 года сертификат эксплуатанта «Трансаэро» был аннулирован.
В мае 2002 года авиакомпания «Сибирь» (S7 Airlines) перевела все регулярные рейсы в Москве в аэропорт Домодедово из Внуково.
В марте 2010 года бюджетная авиакомпания «Авианова» перебазировалась из аэропорта Внуково в Шереметьево. 2 января 2012 года сертификат эксплуатанта «Авиановы» был аннулирован.
В мае 2015 года чартерная авиакомпания Royal Flight начала выполнять рейсы из аэропорта Шереметьево, куда она перебазировалась из Домодедово.
В августе 2015 года авиакомпания «Донавиа» (группа «Аэрофлот») сообщила о переводе рейсов в аэропорт Домодедово из Шереметьево. В марте 2016 года компания прекратила свою деятельность, став частью авиакомпании «Россия».