В 1985 году правительство начало экспериментальное объединение отдельных лесных хозяйств в производственно-лесные структуры. 10 марта 1988 года постановлением ЦК КПСС и Совета министров #234 управление и хозяйствование в лесу при сохранении функций Минлесхоза переданы территориальным комплексным лесным хозяйствам. 27 ноября 1989 года Верховный совет РСФСР издал указ о передаче всех лесных фондов в непосредственное управление Минлесхоза РСФСР, вышедшее из подчинения Минлесхоза СССР. Решение реализовывалось в течение трех лет.
В декабре 1991 года Минлесхоз РФ был ликвидирован (Минлесхоз СССР повторил его участь через год), контрольные функции управления лесным хозяйством переданы комитету по лесу Министерства экологии РФ. Хозяйственные функции перешли к созданной в начале 2002 года государственной лесопромышленной компании (ГЛПК) "Рослеспром".
В середине 1992 года ряд функций по управлению лесами находился в ведении Минфина РФ.
В январе 1993 года создана независимая Федеральная служба лесного хозяйства РФ (Роскомлес), осуществляющая контрольные и хозяйственные функции в лесопользовании.
В 1994 году ГЛПК "Рослеспром" получила ряд государственных полномочий, позволяющих влиять на работу лесоперерабатывающей отрасли. Функции экспорта "государственного" леса переданы близкому к ней АО "Росэкспортлес".
В 1996 году по инициативе "Рослеспрома" финансовые потоки отрасли консолидируются в Национальном лесном банке. Банк в 1997 году обанкротился, в расследовании этого банкротства, по слухам, принимал участие Владимир Путин.
В 1997 году ГЛПК "Рослеспром" теряет большую часть полномочий, преобразуется в АО "Рослеспром", начинается его приватизация. Генпрокуратура заявляет об уголовных делах по фактам масштабных хищений в "Рослеспроме" и "Рослесэкспорте".
В 1999 году Генпрокуратура проводит масштабную проверку работы Роскомлеса. По ее итогам 19% сотрудников структуры привлечены к ответственности, около тысячи уволены.
18 августа 2000 года указом Владимира Путина Роскомлес ликвидируется, его контрольные и хозяйственные полномочия передаются структуре Министерства природных ресурсов РФ.