Объем вредных выбросов в атмосферу в Башкирии в 2016 году увеличился на 32,3 тыс. тонн (до 918,6 тыс. тонн), или на 3,8% к 2015 году, следует из экологического доклада министерства экологии и природопользования республики за прошедший год. Выбросы от стационарных источников увеличились на 6%, до 460,9 тыс. тонн, от транспортных средств — на 1,6%, до 457,7 тыс. тонн. Рост объемов выбросов от стационарных загрязнителей в министерстве объясняют увеличением промышленного производства на 2,6%. При этом объем загрязнения, наносимого транспортом, с 2012 года снизился почти на 10%. Максимальное увеличение промвыбросов зафиксировано в Салавате (на 7,3%, до 51,4 тыс. тонн). В Уфе их объем увеличился на 5,6%, но в абсолютных цифрах он стал наиболее существенным — 234,6 тыс. тонн. В Стерлитамаке зафиксировано снижение промышленных выбросов в атмосферу на 4%, до 63,3 тыс. тонн. При этом в Стерлитамаке остается самая высокая плотность выбросов — 5,86 тонн, или по 0,23 тонны на человека. Уровень загрязнения атмосферы в промгородах Башкирии определяется, по данным министерства, главным образом высокими концентрациями бензапирена, диоксида азота, формальдегида и взвешенных веществ. В валовых выбросах преобладают оксид углерода (около половины годового объема), летучие органические соединения (пятая часть), диоксид азота (десятая часть) и сернистый ангидрид.
Объем сброса загрязненных сточных вод в общей их массе увеличился за год на 2,2%, в том числе сточных вод без очистки — на 6,7%. В поверхностные водные объекты за год было сброшено около 1,1 млн тонн загрязняющих веществ, что примерно на 30% больше показателя 2015 года. Основными источниками загрязнения стали «Уфаводоканал», Башкирская содовая компания, «Промводоканал» (Салават), сточные воды которых не соответствовали нормативам.