В 1976 году историей царской семьи заинтересовались бывший милиционер и автор фильма "Рожденные революцией" Гелий Рябов и геолог Александр Авдонин. В 1979 году им удалось найти место захоронения Романовых под Свердловском. Официальное вскрытие захоронения было произведено в 1989 году, тогда были эксгумированы останки девяти тел. В 1991 году бюро главного управления судмедэкспертизы Минздрава РФ начало идентификацию останков, к которой позже подключили центр криминалистики МВД Великобритании.
19 августа 1993 года Генпрокуратура возбудила дело о расстреле царской семьи. В октябре того же года правительство создало комиссию "по изучению вопросов, связанных с исследованием и перезахоронением останков Николая II и его семьи", которую возглавил вице-премьер Юрий Яров.
После двух лет изучения останков в Великобритании и США правительственная комиссия в сентябре 1995 года заявила, что они принадлежат царской семье. На февраль 1996 года назначили захоронение в Петропавловской крепости, но его отменили из-за отсутствия одобрения РПЦ. У церкви вызывал сомнение тот факт, что не были найдены останки великой княжны Марии и цесаревича Алексея. В ноябре 1995 года комиссия решила провести дополнительную экспертизу. К январю 1998 года принадлежность останков семье последнего императора была вновь подтверждена. 17 июля 1998 года в Петропавловской крепости были захоронены останки девяти тел.
29 июля 2007 года на Коптяковской дороге обнаружены фрагменты двух скелетов — предположительно великой княжны Марии и цесаревича Алексея. В 2008 году лаборатории Австрии, США и России это подтвердили.
15 января 2009 года Следственный комитет прекратил расследование дела об убийстве "в связи с истечением срока давности привлечения к ответственности и смертью лиц, совершивших убийство".
9 июля 2015 года премьер Дмитрий Медведев создал рабочую группу по перезахоронению останков цесаревича Алексея и великой княжны Марии.