С 9 по 15 января 2011 года на юге Судана прошел референдум о самоопределении, ставший итогом многолетнего вооруженного конфликта местного населения с центральным правительством в Хартуме. 98,6% проголосовали за независимость. 9 июля 2011 того же года Южный Судан был провозглашен самостоятельным государством.
В новом государственном образовании со столицей в Джубе оказалось сосредоточено 75% всей суданской нефти, но инфраструктура для ее экспорта осталась подконтрольна северу. С этого момента стороны не могли договориться ни о спорном пограничном районе Абьей, ни о ценах на транспортировку нефти. Южный Судан предлагал платить Хартуму $1 за транзит одного барреля нефти, а Судан настаивал на $36 за баррель. В январе 2012 года Южный Судан заявил о прекращении работы нефтепровода, по которому нефть поступала на север страны.
11 февраля 2012 года Южный Судан и Судан при посредничестве Африканского союза подписали соглашение о ненападении, но уже 14 февраля Джуба заявила об авианалете Хартума на пограничный город Джау. 27 марта суданские ВВС нанесли авиаудар по южносуданскому нефтяному месторождению в штате Эль-Вахда, при этом Хартум обвинил Джубу в нападении на крупное месторождение Хеглиг. Продолжавшиеся до августа столкновения помешали подписанию документов о пограничном размежевании.
4 августа стороны подписали соглашение о нефти: Джуба получила право экспортировать нефть, выплачивая $9,48 за транзит одного барреля. Также Южный Судан согласился выплатить Хартуму компенсацию в $3 млрд, связанную с его отделением. Однако противостояние продолжилось из-за обвинений Судана в отношении Джубы в поддержке повстанцев на его территории.
В декабре 2013 года Южный Судан переключился на внутренние проблемы — бывший вице-премьер Южного Судана Риек Мачар предпринял попытку госпереворота, вылившуюся в гражданскую войну в регионе между народностями динка и нуэр. В августе 2015 года подписано соглашение о прекращении огня и создании правительства национального единства. По данным ООН, за время конфликта в Южном Судане погибли около 10 тыс. человек, 616 тыс. человек бежали из страны.