26 ноября 1991 года президент России назначил главой администрации области председателя Новосибирского облсовета Виталия Муху. 5 октября 1993 года он был отправлен в отставку за то, что не поддержал роспуск Верховного совета. Тем же указом врио губернатора был назначен мэр Новосибирска Иван Индинок. 18 декабря президент утвердил его главой области.
17 декабря 1995 года в первом туре выборов Иван Индинок набрал 22,81% голосов. Поддерживаемый КПРФ экс-глава области Виталий Муха получил 18,12%. 24 декабря во втором туре победу одержал господин Муха с 54,04% против 37,24% у соперника.
19 декабря 1999 года в первом туре очередных выборов Виталий Муха с 18% занял лишь третье место. Лучший результат показал мэр Новосибирска Виктор Толоконский с 26,36%. Во второй тур вышел также замминистра экономики Иван Стариков с 20,87%. 9 января 2000 года господин Толоконский был избран губернатором с 44,32% голосов, господин Стариков получил 42,17%.
В декабре 2003 года Виктор Толоконский был переизбран. В июле 2007 года он был переутвержден на своем посту, досрочно поставив перед президентом Владимиром Путиным вопрос о доверии. 9 сентября 2010 года господин Толоконский стал полпредом президента в Сибирском федеральном округе. 22 сентября 2010 года новым главой региона утвержден первый вице-губернатор Василий Юрченко (72 депутата были за, 13 — против).
4 декабря 2011 года на выборах в Госдуму "Единая Россия" набрала в области 33,84%, показав один из худших результатов по стране (в целом по России — 49,31%). КПРФ получила 30,25%. 4 марта 2012 года на президентских выборах Владимира Путина поддержали 56,34% (по стране — 63,6%). Вторым был Геннадий Зюганов (22,53%).
17 марта 2014 года господин Юрченко отправлен в отставку "в связи с утратой доверия". Ранее началось расследование по фактам продажи структурами областного правительства недвижимости по заниженной стоимости, губернатор давал показания как свидетель. В тот же день врио главы области назначен вице-губернатор Владимир Городецкий.