В 2002-2003 годах шесть крупнейших компаний башкирского ТЭКа в результате многоступенчатых сделок оказались в собственности ООО «Башкирский капитал», основным бенефициаром которого считался сын президента республики Муртазы Рахимова Урал.
В июле 2003 года аудитор Счетной палаты Владислав Игнатов назвал приватизацию башкирского ТЭКа «самым беспрецедентным случаем похищения активов из госсобственности». В сентябре на основании проверки СП прокуратура Нижегородской области возбудила дело п. «б» ч. 3 по ст. 165 УК (причинение крупного имущественного ущерба путем злоупотребления доверием). Позже оно было передано СК МВД по Приволжскому федеральному округу.
В мае 2005 года арбитражный суд Башкирии удовлетворил иск минимущества республики к «Башкирскому капиталу» о возврате 63% акций «Башнефти» и 32% акций «Башкирэнерго» в собственность республики. Во время рассмотрения апелляции иск был отозван. В том же году «Башкирский капитал» продал за $600 млн блокпакеты предприятий ТЭК дочке АФК «Система» — ОАО «Система-инвест». Оставшиеся акции были переведены на баланс четырех благотворительных фондов. В 2009 году АФК «Система» за $2,5 млрд выкупила эти акции у фондов.
В декабре 2006 года инспекция ФНС по крупнейшим налогоплательщикам оспорила сделки, в результате которых «Башкирский капитал» раздробил пакеты предприятий ТЭКа и перевел их благотворительным фондам. Претензии к компании составляли 42 млрд руб. В 2007 году иски о взыскании в бюджет контрольных пакетов шести компаний удовлетворены арбитражным судом Москвы. В феврале 2009 года во время рассмотрения кассации ФНС отозвала иск.
В апреле 2014 года ГСУ СКР возбудило дело в отношении Урала Рахимова по ст. 160 (присвоение или растрата) и ст. 174 УК (легализация денежных средств). По версии следствия, преступления были совершены при продаже в 2009 году башкирского ТЭКа «Системе». При этом в июне АФК заявила о желании провести SPO акций «Башнефти» во второй половине 2014 года. В июле по делу был арестован бизнесмен Левон Айрапетян, бывший посредником при сделке. Тогда же арестованы принадлежащие «Системе» акции «Башнефти», на допросах побывали глава совета директоров АФК Владимир Евтушенков и Муртаза Рахимов.
23 августа находящемуся в Австрии Уралу Рахимову заочно предъявлены обвинения. Он объявлен в федеральный розыск.