Штаб-квартира группы в России, ООО "Итера Холдинг" (по данным Ъ, сейчас оформляется ее переименование в ООО "Координация менеджмента и финансов"), практически не владеет активами на территории России. Собственниками компаний группы "Итера" в России являются, как правило, кипрские или швейцарские компании. Впрочем, значительная часть подразделений "Итеры" (например, "Итера М", контролирующая экспорт газа из России в страны СНГ, компания по сбыту нефти и газа "ТЭК 'Итера'", компания "Энергопоток" и др.) принадлежит четырем компаниям из архангельского поселка Мирный и читинского села Агинское: "Технобит", "Стройресурсы-М", "Итера-Русь", "МЭК Итера". Владельцы этих компаний неизвестны. Эти же "сельские" предприятия контролируют ряд московских структур с многозначительными названиями — "Главная управляющая компания-М", "ЦПИ 'Технологии XXI века'", "Арктические разработки", "Отечественные экологические системы" и даже "Новые инвестиционные программы". Некоторые компании "Итеры" вообще находятся в полной собственности неизвестных физических лиц — например, АО "СПК Итера", принадлежащее некоей Любови Сосновской.
Из топ-менеджеров "Итеры" в прямом владении ее компаниями замечен только гендиректор Валерий Отчерцов, бывший вице-премьер Туркмении: ему принадлежит 2% акций страховой компании "Итера-Гарант". А вот менеджеры "Газпрома" встречаются в числе совладельцев компаний "Итеры" не так редко. В близкой "Итере" компании "Ланкопромкомплект" (через нее "Итера" приобретала акции АО "Роспан") 12% капитала принадлежит начальнику департамента стратегического развития "Газпрома" Виктору Брянскому. В "Сибнефтегазе", добывающем подразделении "Итеры", 10% капитала принадлежит страховой компании "Щит". Основными акционерами "Щита" являются Наталья и Вячеслав Кузнецовы, последний — руководитель отдела внутреннего аудита в "Газпроме".